खानेपानी तथा योजना महाशाखा विभाग अन्तर्गतका २ वटा महाशाखाहरु मध्येको एउटा महाशाखा हो । यस महाशाखा अन्तर्गत देहाय बमोजिमका शाखाहरु छन् :-

• योजना, अनुगमन तथा मूल्यांकन शाखा
• गुणस्तर सुधार तथा सेवा नियमन शाखा
• इलेक्ट्रोमेकानिकल तथा हाइड्रोजियोलोजिकल शाखा
• आर्थिक प्रशासन शाखा